Wiele badań wskazuje, że migrena może mieć podłoże alergiczne. W czasie napadu migreny stwierdza się na przykład we krwi podwyższony poziom histaminy, która jest uważana za mediatora reakcji alergicznych. Poza tym napady migreny zdarzają się częściej po spożyciu niektórych pokarmów, zwłaszcza czekolady.
Jednak u chorych cierpiących na migrenę alergiczne próby skórne niczego nie wyjaśniają. Dopiero zastosowanie diety eliminacyjnej i obserwacja przy włączaniu kolejnych potraw może pozwolić na wykrycie potraw, których spożycie powoduje napady migreny.
Dlatego cierpiącym na migrenę lekarze zalecają, by skrzętnie notowali wszystkie potrawy, które spożywali przed wystąpieniem napadu bólów.