Niedobory witamin w organizmie wynikają między innymi ze sposobu przetwarzania żywności, zwłaszcza w wysokich temperaturach, co niszczy zawarte w niej witaminy.

Aby zminimalizować te straty, np. podczas gotowania owoców i warzyw, należy je gotować w możliwie małej ilości wody, a uzyskane wywary także wykorzystywać.

Potrawy należy przygotowywać w najniższych możliwych temperaturach, bo im wyższa temperatura, tym straty witamin większe.

Krojenie owoców i warzyw na drobne kawałki zwiększa straty witamin; lepiej najpierw gotować,

a potem kroić. Należy unikać dodawania do gotowania sody, która wpływa na zachowanie koloru owoców i warzyw, ale powoduje duże straty witamin. Nawet jeżeli dieta dostarcza odpowiedniej ich ilości, to jest wiele substancji i leków oraz stanów chorobowych, które powodują zaburzenia wchłaniania witamin.

Antybiotyki, poza bakteriami chorobotwórczymi, niszczą pożyteczne bakterie w przewodzie pokarmowym człowieka, wskutek czego nie mogą być syntetyzowane w organizmie witaminy K, Bl, Bl2 i kwas foliowy.

Wiele leków działa drażniąco na błonę śluzową przewodu pokarmowego i wywołuje takie jej zmiany, które uniemożliwiają wchłanianie witamin. Także leki zobojętniające kwas solny długotrwale stosowane, np. w chorobie wrzodowej, upośledzają wchłanianie witamin.

W przebiegu wielu chorób zaburzone jest wchłanianie witamin, m.in. w chorobie Crohna, chorobach pasożytniczych (zwłaszcza lambliozie), w czynnej chorobie wrzodowej żołądka i dwunastnicy.